総務省関連では、国民に１人１０万円を配る「特別定額給付金」のオンライン申請に必要なマイナンバーカードのシステム処理能力を増強するため９億円を計上した。カードの暗証番号を忘れた住民らの手続きが全国で急増し、システムに不具合が発生したため。地方公共団体情報システム機構が管理するサーバー台数を現行の３倍に増やす。
離島や山間部の家庭の子どもたちがオンライン授業を受けられるよう、光ファイバー回線整備を前倒しで実施する事業に５０１億円。新型コロナウイルス感染者の救急搬送に必要なマスクや防護服、消毒液などの確保には３億円を充てる。
総務省分の総額は５１９億円となる。
