令和２年度予算案の沖縄振興予算は、元年度当初予算と同額の３０１０億円となった。火災で正殿などの主要施設が焼失した首里城（那覇市）の復元費を含む都市公園事業費は３８億円で、元年度に比べ１０億円上積みされた。焼け落ちたがれきの撤去費用や観光振興の関連費用など１３億円が盛り込まれた元年度補正予算案と合わせ、首里城の早期復元を目指す。
沖縄県が使途を自由に選ぶことができる一括交付金は元年度から７９億円減の１０１４億円。同県の玉城デニー知事は一括交付金の増額を求めていたが、米軍普天間飛行場（宜野湾（ぎのわん）市）の名護市辺野古への移設をめぐる政府と県との対立が反映された結果となった。
新規事業は小規模離島の海底送電ケーブル整備事業に１１億円を計上。県外企業の呼び込むためのテレワーク推進事業に３億円を確保した。
